Do polistopadové éry vstoupil Dominik Duka jako jedna z výrazných a dynamických postav české římskokatolické církve, díky účasti v disentu s velkým morálním kreditem. Byl spoluvězněm Václava Havla z plzeňských Borů a jedním z autorů českého překladu Jeruzalémské bible. Už před rokem 1989 a i po něm se podílel na obnově struktur dominikánského řádu, jehož byl od roku 1986 provinciálem.

Po změně režimu se římskokatolická církev musela vyrovnat s existencí podzemní „mlčící církve“, v jejíchž strukturách působili ženatí kněží i biskupové a došlo dokonce i ke svěcení žen. Duka zde zastával méně nekompromisní stanovisko než jeho předchůdce na pražském arcibiskupském stolci, kardinál Miloslav Vlk. Jedním z důvodů bylo jistě i to, že sám na přelomu 70. a 80. let působil jako jeden z vyučujících ve studijních skupinách podzemní církve a podílel se na výuce Starého zákona.

Duka značně přispěl k obnově intelektuálního zázemí katolické církve, byl šéfredaktorem dominikánské Revue Salve, která soustřeďovala a stále soustřeďuje podstatnou část intelektuálního potenciálu českých katolíků. Roky psal do Salve úvodníky; poslední vyšel na konci roku 2014. Jako biskup v rodném Hradci Králové (1998—2010) například inicioval diskusní Týden vzájemného poznávání a porozumění.

Byl to také Dominik Duka, kdo jako královéhradecký biskup udělil kněžské svěcení Tomáši Petráčkovi. Tehdy se psal rok 2005 a situace v české katolické církvi vypadala podstatně odlišně oproti dnešku. Děkanem pražské Katolické teologické fakulty UK byl Ludvík Armbruster, jezuita s dlouholetou zkušeností z Japonska, a fakulta zažívala zřejmě své nejlepší období, které — jak se dnes ukazuje — bylo však pouhým intermezzem mezi dvěma vleklými krizemi.

Od ledna 2011 začal Duka pravidelně vysílat na vlnách Radiožurnálu své glosy. Po Václavu Havlovi a jeho Hovorech z Lán byl vlastně první českou veřejnou osobností, která své názory několik let prezentovala s takovouto pravidelností. Již třetí glosa z 16. ledna 2011 nese název „Evropské společenství nemůže přežít bez duchovní koncepce“. Nový pražský arcibiskup mluvil o potřebě dialogu, o tom, že Evropě neškodí ti, kdo připomínají, že bez duchovního rozměru a křesťanských kořenů nemůže existovat, ale ti, kdo chtějí vytlačit křesťanské svátky z evropského kalendáře.

Ve velmi kultivované, do historických příkladů i biblických obrazů zahalené podobě se už tehdy daly vysledovat zárodky pozdějšího silně kritického postoje k Evropské unii. Na začátku roku 2011 ale Dukův pohled připomínal spíše Václava Havla, s nímž v témže roce natočil přátelský rozhovor Společný výslech, a jeho upozorňování na nutnost hlubšího než jen ekonomického ukotvení EU, než daleko vyhrocenější pozici Václava Klause. To se ale mělo brzy změnit.

Pražský arcibiskup ve víru kulturních válek