Aktuálně o mutacích: virus postupně vykládá karty, možná jsme ještě neviděli vše

Jan Kašpárek

Napříč světem se tvoří, šíří a leckde převládají nové varianty SARS-Cov-2. Virus mutuje běžně a v jeho evoluci přirozeně převládají pro nás nejhorší možnosti. Přinášíme souhrn hlavních a veskrze nepříjemných novinek.

Varianta B.1.1.7 na dobarvených mikroskopických snímcích. Foto NIAID
Varianta B.1.1.7 na dobarvených mikroskopických snímcích. Foto NIAID

Nový koronavirus setrvale mutuje a tvoří upravené varianty, jež vlivem větší nakažlivosti i schopnosti unikat před imunitní reakcí leckde jasně převládly. Virová evoluce je nesmírně složitá a počet variant i jejich kombinací stále roste. V neustálém přívalu nových zpráv je navíc složité se zorientovat, přinášíme proto souhrn aktuálních poznatků.

Unikátní výběr informací ze světa, které v češtině nenajdete nikde jinde. Podpořte Deník Referendum!
×

Mutací je ohromné množství. Probíhají přirozeně a souběžně napříč světem, konspirační teorie o umělém vypouštění upravených virů jsou absurdní. SARS-Cov-2 je RNA virus, spadá tedy do obecné kategorie, pro niž jsou mutace příznačné a velmi časté. Proces zpomaluje fakt, že koronaviry mutují o něco pomaleji, než je v kraji zvykem: například chřipka se mění asi dvakrát rychleji.

Mutace mohou zhoršit šíření viru, účinnost naší imunitní odpovědi i závažnost onemocnění. Naprostá většina to ale naštěstí nedělá. Protože je změn v genomu tolik, věda se zabývá hlavně úpravami, jež se promítají do průběhu pandemie. Řada mutací setrvale končí jako evolučně nevýhodná.

Veřejnému zájmu se tedy těší jen zlomek virových variant. I ty jsou ale stále SARS-Cov-2. Pokud bychom vedle sebe postavili model nového koronaviru před a po mutaci, rozdílu si bude prakticky nemožné všimnout. Změny se odhalují čtením genetického kódu, takzvaným sekvenováním.

Probíhající změny jsou nebezpečné. Nejostřeji sledované linie, „britská“ varianta B.1.1.7, „jihoafrická“ B.1.351 a „brazilská“ P.1, jsou prakticky po celém světě. Zrychlují místní postup epidemií, vyvolávají obavy o účinnost očkování a dále zpochybňují (již tak přinejmenším sporný) koncept přirozeného dosažení hromadné imunity. Přestože vznikají i zvláštní mutační koktejly, může nás uklidňovat, že je SARS-Cov-2 v mutacích stále ještě relativně umírněný a zřejmě nechystá nic zcela nečekaného.

„Britskou“ variantu známe až moc dobře

B.1.1.7 známe poměrně dlouho. Reálně se šíří ještě déle, zpětně ji vědci vystopovali až do září 2020. V České republice dominuje, poslední dobou podle všeho postupuje ze západu na Moravu. Vyplnila se tak varování odborníků uvádějících od začátku roku, že varianta je asi o polovinu nakažlivější než ty předchozí, a tedy evolučně vybavená k rychlému převzetí otěží nad průběhem epidemie.

Jakmile zastoupení B.1.1.7 dosáhlo řádově desítek procent, tempo nákazy zrychlilo a vyhlídky na potlačení dlouhodobě zuřící epidemie upadly. „V případě B.1.1.7 odhady naznačují, že reprodukční číslo infekce by se mohlo zvýšit z 1 na přibližně 1,4, pokud nepřijde změna v chování společnosti. Je-li to pravda, mnoho zemí, které snížily R na 1 nebo méně, bude konfrontováno s novou vlnou šíření navzdory současným opatřením,“ psali evropští vědci koncem ledna. Vidíme, že měli pravdu.

Měřit nakažlivost v průběhu epidemie je nesnadné. Lze ale říci, že infekčnost B.1.1.7 je oproti předchozím variantám vyšší o zhruba polovinu. Z pozorování nemocničního personálu i dat vyplývá, že „britská“ varianta navíc hrozí těžším průběhům nemoci. Výzkumy publikované nedávno v The British Medical Journal a odborném časopise Nature uvádějí zhruba šedesátiprocentní nárůst relativního rizika smrti.

Štěstím v neštěstí je, že zřejmě větší nebezpečnost vyvažuje očkování. B.1.1.7 sice o něco oslabuje jeho číselnou účinnost, ale změna není nijak dramatická. To se týká kompletního očkovacího cyklu i míry částečné ochrany z jedné dávky.

Zatápí nám protiimunitní mutace

Zatímco nebezpečí B.1.1.7 známe, rizika spojená s dalšími variantami lze zatím pozorovat jen v zahraničí. Do centra pozornosti se postupně dostává takzvaně jihoafrická varianta B.1.351 a brazilské linie P.1, P.2 a P.3. Ty provází terminologický chaos a matoucí odlišnosti, vrátíme se k nim za chvíli. Napřed shrňme, co víme o B.1.351. První záchyt provedla Jihoafrická republika, výskyt se zpětně dohledal až do léta 2020.

Jedná se o jednu z nejnebezpečnějších variant, hlavně kvůli schopnosti citelně oslabit účinek očkování. Oproti původnímu SARS-Cov-2 nese celou škálu mutací. Většina nás nezajímá, důležité jsou tři: N501Y, K417N a E484K. První známe z „britské“ varianty, ve zkratce stojí za vyšší nakažlivostí. Druhé však obcházejí imunitní odpověď organismu: mohou tedy přispět k opětovné infekci těch, kteří covid-19 již prodělali, stejně jako překonat ochranu poskytovanou očkováním.

Zmutovaný spike protein viru. Místa změn značí červené tečky. Model z preprint studie Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa (medRxiv, 2021)
Zmutovaný spike protein viru. Místa změn značí červené tečky. Model z preprint studie Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa (medRxiv, 2021)

Jihoafrická republika kvůli rozšíření varianty pozastavila vakcinaci AstraZenecou s tím, že efekt jinak slušné vakcíny je proti mutantovi doslova minimální. Johnson & Johnson (J&J) i Novavax mají data z klinických zkoušek prováděných víceméně souběžně na jihu Afriky a jinde: vychází z nich, že očkování nějak funguje i proti B.1.351, rozdíl je ale zjevný.

J&J hlásil ve Spojených státech 72% ochranu před symptomatickým covid-19, v JAR o patnáct procent nižší. Novavax svedl ochránit devadesát procent Britů, ale jen šedesát procent Jihoafričanů. Pfizer/BioNTech má data hlavně z laboratorních zkoušek, kde vůči B.1.351 vykazuje sníženou, ale stále solidní účinnost. Co to prakticky znamená, ukáže praxe: JAR vakcínu schválila teprve v polovině března.

Přímo v Africe se mutantovi postaví čínský Sinopharm, toho času nasazený například v Zimbabwe. Oproti jiným preparátům jde o inaktivovanou vakcínu — užívá tedy starší očkovací princip, jehož vhodnost proti mutujícímu SARS-Cov-2 je diskutabilní. Podle některých bude očkovací látka se „zabitým“ virem podléhat změnám méně, jiní optimismus naopak odmítají s tím, že inaktivovaná vakcína je oproti mRNA těžkopádná a lze ji jen těžko aktualizovat. V laboratorních testech s B.1.351 hlásila Čína relativní úspěch.

Zatímco „jihoafrickou“ variantu eviduje velká část světa včetně České republiky, „brazilské“ mutace se u nás zatím neodhalily. Nehlásí je ani Blízký a Střední východ, Rusko či Afrika. Zato je jich hned několik. P.2 nese antiimunitní E484K mutaci. P.3 přidává infekční N501Y. A P.1 pobíhá světem s E484K, N501Y a K417T. Od „jihoafrické“ varianty se zde liší jen tím, že na 417. pozici virového proteinu střídá jinou aminokyselinu.

Oproti starému viru je zkrátka výrazně rychlejší, umí se vyhýbat protilátkám z dříve prodělaného covidu-19 a podle dílčích informací P.1 také víc zabíjí. Zdá se ale, že nedokáže čelit očkování. mRNA vakcíny proti variantě sice vykazují nižší laboratorní účinek, v praxi se však očekává, že alespoň srazí riziko těžké nemoci. Slušně by měla fungovat AstraZeneca.

P.1 je přinejmenším spoluodpovědná za tragédii brazilského velkoměsta Manaus. To slouží jako odstrašující příklad nekontrolovaného průchodu nákazy, jež zdecimoval obyvatele, aniž vedl ke kolektivní imunitě. V Manaus do podzimu 2020 prodělaly covid-19 až tři čtvrtiny lidí, tedy více, než kolik se odhaduje jako hrubá hranice pro plošnou odolnost. Virus se následně navzdory nízké úrovni protiepidemických opatření zklidnil, po novém roce ale nastoupil znovu. Interval od prvního vrcholu k další epidemické vlně činil sedm až osm měsíců.

Přehledné zobrazení schopnosti mRNA vakcín in vitro neutralizovat virové varianty. „Jihoafrická“ vychází jako zdaleka nejsilnější, problém přináší i varianty „brazilské“. Dobrou zprávou je, že na ostatní dvě varianty očkovací dávky bez problému stačí. Graf Garcia-Beltran et al., Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humoral immunity, Cell (2021); Pozn.: B.1.1.429 je B.1.429, zřejmě jde o překlep.
Přehledné zobrazení schopnosti mRNA vakcín in vitro neutralizovat virové varianty. „Jihoafrická“ vychází jako zdaleka nejsilnější, problém přináší i varianty „brazilské“. Dobrou zprávou je, že na ostatní dvě varianty očkovací dávky bez problému stačí. Graf Garcia-Beltran et al., Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humoral immunity, Cell (2021); Pozn.: B.1.1.429 je B.1.429, zřejmě jde o překlep.

Mutace mutací

V rakouském Tyrolsku, před časem uzavřeném kvůli šíření B.1.351, nedávno možná vznikla další rekombinace — spojení mutací, jež se dříve vyskytovaly odděleně. „Jenom“ nakažlivější a více patogenní B.1.1.7 zde zřejmě přibrala antiimunitní E484K mutaci z „jihoafrické“ varianty. Totéž se u části vzorků stalo v Británii začátkem února.

Virus tím (mimoděk, neboť samozřejmě nemá strategii ani vůli) řeší problém, kdy i na jeho rychlejší „britskou“ linii stačily vakcíny a fungovala jakás takás imunita. Podobné přebírání či nové kombinace starších změn jsou očekávatelné, u koronavirů nejde o nic netypického. Opět platí, že zpravidla se nic zlého neděje.

Ve Velké Británii se případů „sloučení“ virových úprav eviduje více, aniž to muselo cokoli znamenat pro průběh epidemie. Pro britské a americké prostředí se k polovině března odhadovalo asi pětiprocentní zastoupení těchto takzvaných rekombinantů. Část je bezproblémová, již v únoru se však objevil hybrid mezi B.1.1.7 a „kalifornskou“ B.1.429. Nese jak „britskou“ Δ69/70 mutaci zvyšující infekčnost, tak „americkou“ L452R posilující odolnost k protilátkám.

Jak píší jihoafričtí odborníci v New England Journal of Medicine, „kritické pro snížení rizika [zrodu] generace nových variant je potlačení virové replikace, jak skrze opatření k ochraně veřejného zdraví, tak skrze spravedlivou distribuci vakcín“.

„Čínská chřipka“ je jasný nesmysl, v pojmech je ale zmatek

I do českého prostředí dorazila debata o zažité terminologii. Kritikům vadí mediálně rozšířené pojmenování variant podle místa prvního záchytu, respektive označování SARS-Cov-2 za „čínský virus“ a podobně. Přestože je zvykem formovat k tématu postoje en bloc, problém má více vrstev.

V základu platí, že Světová zdravotnická organizace ještě před pandemií přímo odmítala označování nových infekčních nemocí podle lokality výskytu či kulturních referencí, stejně jako vymýšlení úmyslně děsivých termínů. Za správnou praxi pokládá pojmenování podle symptomů, doby výskytu, věku nejhůře zasažených pacientů a názvu biologického původce onemocnění.

Případ u mnohých populárního označování SARS-Cov-2 za „čínský virus“ či „čínskou chřipku“ je vcelku jednoznačný. Pojmenování většinou vychází z antipatie mluvčího vůči Číně a postrádá věcný základ. Infekce sice z Číny pochází a tamější vláda se ji v počátcích snažila tutlat, jinak ale vztah neexistuje. „Čínská chřipka“ je pak chybná přímo fakticky. Nový koronavirus není chřipka, byť se oba patogeny stalo zvykem srovnávat, typicky ve snaze popřít nebezpečnost covidu-19.

Neexistuje mnoho racionálních důvodů, proč do pojmenování Čínu vtahovat. Ostatně pokud bychom chtěli nákazu nazvat podle nejhůře zasažených zemí, tragikomicky by jí šlo říkat i „český virus“. Nedává to žádný smysl, snad kromě rozněcování nenávisti. To se leckde během pandemie stalo reálným problémem: především ve vztahu k Asiatům, které někteří bez racionálního důvodu za covid-19 viní. Až vyloženě rasistické nálady roznítil i bývalý americký prezident, když covid-19 označoval například za „kung flu“ (flu — influenza, chřipka).

U mutací je diskuse složitější. Pojmenování podle místa první sekvenace je jakýmsi pragmatickým únikem ze značné složitosti korektních, odborných názvů. Například „britská“ varianta je nejen B.1.1.7, ale i SARS-CoV-2 VUI 202012/01 nebo 501Y.V1. Tím, že se virových linií objevuje stále více, správné pojmenování nabývá na další chaotičnosti. I pokud bychom se úporně snažili držet jednoho názvosloví, text pojednávající o více mutacích by se stal značně nepřehledným.

Jednoduché řešení zřejmě neexistuje. Je ovšem důležité chápat, že geografické určení nelze používat jako ukázání na viníka. Britové za „svou“ virovou variantu nemohou, právě naopak: to, že B.1.1.7 objevili, je výsledkem jejich výjimečné důslednosti v sekvenování. „Brazilská“ varianta se sice skutečně šíří hlavně v Brazílii, poprvé se však sekvenovala v Japonsku.

Stanovit přesný místní původ mutace navíc není nijak jednoduché. Například nedávno objevená „belgická“ varianta, B.1.214.2, byla poprvé zachycena ve Švýcarsku a vývojově navazuje na starou B.1.214 z Konga. Říci, komu „patří“, je tedy nemožné. A navíc zcela zbytečné.

Diskuse
March 30, 2021 v 18.13
Napomeňte mne, považujete-li to za tapetování,

ale dám sem znovu týž odkaz na "srandačlánek" z necyklopedie. Když nic jiného, pobavte se.

https://necyklopedie.org/wiki/Z%C3%A1sady_ochrany_druhu_SARS-CoV-2_p%C5%99ed_vyhynut%C3%ADm

Oceňuji vysoce práci autora (Jana Kašpárka) s četnými a velmi relevantními zdroji, jen mne zaráží, že srandisti totéž vždy jaksi předpověděli.

Co čekám dál? Ve vytapetovaném článku jsem si všimnul zmínky o kys. acetylsalicylové, tj. acylpyrinu, aspirinu, aspru. Očekávám tedy nyní skvěle ozdrojovaný výzkum, který zjistí, že první volbou by neměl být paracetamol či ibuprofen, jak se doporučuje od počátku dodnes, ale právě aspirín... :-)