Z pohledu hydrobiologa a ekologa je kardinálním problémem celého projektu nedostatek vody v našich řekách. Na území České republiky se nachází evropské rozvodí, což znamená, že odtud všechny řeky odtékají, jsou relativně krátké, mají úzká koryta, nízký a nestabilní průtok a malou hloubku. Pro lodní dopravu dnešních parametrů proto nejsou použitelné v žádném případě. To je proti Německu, Francii, Polsku a dalším státům, kterými protékají dolní úseky toků, obrovský rozdíl. I na těchto velkých tocích bylo ale mnohde nutné postavit jezy a koryta řek se musí nepřetržitě prohrabovat.

Probíhající období klimatických změn ukazuje, co dokáže hydrologické sucho. Nejen drobné potoky a říčky, ale zejména hlavní toky — Labe, Odra, Morava — v posledních pěti letech trpěly výrazným poklesem průtoku. Hydrologicky významné toky v moravskoslezském regionu (Morava, Bečva a Odra) tak mají aktuální průtoky výrazně nižší, než bývaly jejich průměrné (například Morava je na 46—78 % svého standardu). V letních měsících pak průtoky ještě klesají na mnohem nižší úroveň.

Jestliže někdo počítá s tím, že z těchto i dalších toků bude určité množství vody odčerpáváno na dotaci umělého kanálu, respektive na zlepšování průtoku v přírodním korytě, a vychází přitom z dlouhodobých průtoků, evidentně vůbec nerespektuje dopady klimatických změn. Výrazně snížené průtoky budou navíc v horizontu 30 až 40 let s vysokou pravděpodobností nadále klesat.

Ztráty vody