I díky historickému přístupu rodu Lichtensteinů se na soutoku řek Dyje a Moravy zachovala území s jedinečným charakterem. V území, které bylo po celá staletí na jaře zaplavované povodněmi, se hospodařilo jen extenzivně. Po druhé světové válce byly lesy znárodněny a tvořily hraniční pásmo. Hospodářské činnosti v území byly značně omezeny, což mělo vliv i na věkovou strukturu lesních porostů.

Významný vliv v šedesátých letech 20. století mělo zřízení státní obory pro chov jelení a daňčí zvěře, které vedlo k fatálnímu přezvěření a ničení přirozených lesů, a v osmdesátých letech pak změna vodního režimu po výstavbě vodního díla Nové Mlýny a dalších vodohospodářských úpravách. Poslední velkou ránu dostalo území kvůli necitlivému hospodaření Lesů České republiky hlavně na začátku 21. století. Velké holoseče o výměře až dva hektary místy zcela zlikvidovaly přírodní dědictví. Přesto si však území značnou část svých hodnot zachovalo.

Snaha o velkoplošnou ochranu lokality se datuje k roku 1972. Navržená CHKO Pálava měla totiž původně zahrnovat i území Lednicko-valtického areálu, a právě i Soutoku. Kvůli nesouhlasu některých komunistických funkcionářů byla CHKO Pálava vyhlášena v roce 1976 na území s rozlohou pouhých 83 km čtverečních zahrnujícím v podstatě jen hřebeny Pavlovských vrchů.

Nová iniciativa přišla v roce 1989, kdy byl dokončen návrh rozšíření CHKO Pálava o území Lednicko-valtického areálu a lužních lesů Soutoku. Z toho však nakonec taky sešlo, údajně kvůli přípravě nové zákona o ochraně přírody.

Další impulz pro vyhlášení CHKO přišel s vytvářením evropské soustavy chráněných území. V rámci celoevropské sítě Natura 2000 zde byly vytyčeny dvě evropsky významné lokality: Soutok-Podluží a Niva Dyje. V nařízení vlády č. 132/2005 Sb. se pro zajištění ochrany předpokládalo budoucí vyhlášení CHKO. Ministerstvo životního prostředí proto v roce 2008 pověřilo Agenturu ochrany přírody a krajiny ČR vypracováním návrhu, tentokrát už samostatné CHKO Soutok včetně sítě maloplošných zvláště chráněných území.