V současnosti se vedou diskuse o oprávnění Ústavního soudu zrušit amnestii. (například v  Otázkách Václava Moravce 27. ledna). Ale zcela se přitom opomíjí diskuse o oprávněních a povinnostech jiných soudů. Amnestie se tradičně chápe jako feudální oprávnění prezidenta republiky a předsedy vlády, který má právo kontrasignace vůči tomuto aktu prezidenta.. Například se vyskytl názor, že amnestii nemůže soud zrušit, protože není zákonem. Amnestie i milosti jsou údajné relikty panovnické moci, právní deus ex machina — nedají se vysoudit, není na ně nárok, nedají se soudně rušit. Podobné názory zaznívají i od některých ústavních právníků.

Tyto názory je nutno podrobit konfrontaci s ústavním pořádkem a právním řádem České republiky. Především podle čl. 4 Ústavy jsou základní práva a svobody pod ochranou soudní moci. Výjimka pro amnestii zde prostě neexistuje.

Dále je rozhodující povaha amnestie. Rozhodnutí o amnestii je bezpochyby souhrnem právních předpisů (právních norem). V hesle Právní norma se na wikipedii píše: „Právní norma je norma, tedy vyjádření toho, co má být, která je zároveň právně závazná. Jedná se o označení pro jeden obecný příkaz, zákaz nebo dovolení vyplývající z právního řádu včetně nástrojů a zmocnění k jeho dosažení nebo vymáhání.“

Amnestie není zákonem, protože zákonodárná moc náleží podle Ústavy v České republice výhradně Parlamentu, nikoliv prezidentovi. Rovněž Ústava nestanoví vyčerpávající a úplný výčet tzv. jiných právních předpisů, které nejsou zákony. Ostatně takový pokus by musel být právně bezvýznamný, protože rozhodující je  povaha vydaného aktu. Definice právní normy (právního předpisu) náleží plně právní teorii. Z uvedeného vyplývá, že rozhodnutí o amnestii náleží do kategorie jiných právních předpisů, které nejsou zákonem.

V této souvislosti se podívejme na oprávnění Ústavního soudu a také jiných soudů. Ústavní soud má oprávnění rozhodnout o zrušení jiných právních předpisů podle čl. 87 Ústavy, pro rozpor s ústavním pořádkem nebo se zákonem. K tomu postačuje návrh nejméně 25 poslanců nebo 10 senátorů (srov. § 64 odst. 2 zákona o Ústavním soudu č. 182/1993 Sb.) Takový návrh lze rovněž podat v rámci ústavní stížnosti (viz § 74 citovaného zákona). Ústavní soud je proto oprávněn rozhodnout o amnestii prezidenta republiky nebo její části.

Dále je v našem případě opomíjen čl. 95 Ústavy. Pro rozhodování soudu je zde rozhodující již zmíněný čl. 95 Ústavy ČR, že soud je oprávněn posoudit soulad jiného právního předpisu se zákonem nebo smlouvou podle čl. 10 Ústavy. Nejde jenom o oprávnění soudu, ale zároveň i o povinnost soudu, kterou má navíc provádět z úřední povinnosti, i kdyby účastníci soudního řízení v tomto směru návrh nepodali. Tato povinnost vzniká a má se realizovat při posuzování jednotlivých (konkrétních) případů v řízení před soudem.

Soud (nikoliv Ústavní) vydává rozhodnutí zejména o tom, zda a do jaké míry je osoba, jíž byl uložen pravomocně trest, účastna amnestie nebo zda pro amnestii je trestní stíhání zastaveno. Soudím, že při tomto rozhodování vzniká povinnost každému soudu, aby posoudil soulad ustanovení o amnestii s ústavním pořádkem, zákonem a eventuálně v konkrétním případě amnestii neaplikoval.

Soud prostě musí rozhodnout při posuzování konkrétního případu o protizákonnosti nebo neústavnosti jiného právního předpisu. Na rozdíl od zákona není zde oprávněn postoupit záležitost Ústavnímu soudu. (Návrh na zrušení zákona nebo jeho jednotlivých ustanovení je oprávněn podat též soud v souvislosti se svou rozhodovací činností podle čl. 95 odst. 2 Ústavy. Viz § 64 odst. 3 citovaného zákona.) Tento závěr prostě vyplývá z psaného práva.

Teprve značně rozšiřujícím (extensivním) výkladem psaného práva lze dojít k jinému závěru. Podle čl. 8 odst. 2 Listiny základních práv a svobod nikdo nesmí být stíhán nebo zbaven svobody jinak než z důvodů a způsobem, který stanoví zákon. Výkladem je snad možno dovodit, že amnestie, která zastavuje trestní stíhání a promíjí tresty, je rovna zákonu. Proto posouzení neústavnosti náleží Ústavnímu soudu, nikoliv jinému soudu. (Ústavní soud zde posoudí soulad amnestie s ústavním pořádkem ČR.)

Při posuzování otázky, zda zde platí pouze psané právo nebo je nutný rozšiřující výklad psaného práva, bude mít rozhodující slovo Ústavní soud. V žádném případě nelze dovodit nepřezkoumatelnost amnestie nebo její části Ústavním soudem nebo jinými soudy.