V současnosti se vedou diskuse o oprávnění Ústavního soudu zrušit amnestii. (například v  Otázkách Václava Moravce 27. ledna). Ale zcela se přitom opomíjí diskuse o oprávněních a povinnostech jiných soudů. Amnestie se tradičně chápe jako feudální oprávnění prezidenta republiky a předsedy vlády, který má právo kontrasignace vůči tomuto aktu prezidenta.. Například se vyskytl názor, že amnestii nemůže soud zrušit, protože není zákonem. Amnestie i milosti jsou údajné relikty panovnické moci, právní deus ex machina — nedají se vysoudit, není na ně nárok, nedají se soudně rušit. Podobné názory zaznívají i od některých ústavních právníků.

Tyto názory je nutno podrobit konfrontaci s ústavním pořádkem a právním řádem České republiky. Především podle čl. 4 Ústavy jsou základní práva a svobody pod ochranou soudní moci. Výjimka pro amnestii zde prostě neexistuje.