Počátek aktuální etapy vztahů státu se Svatým stolcem můžeme spojovat s dobou rozvoje absolutistické monarchie za Marie Terezie a Josefa II. V této epoše mohla katolická církev na území Svaté říše římské včetně zemí Koruny české udržovat kontakty se svým centrem v Římě pouze prostřednictvím státu. Platnost papežských dekretů různého druhu byla podmíněna tím, že byly vyhlášeny státní autoritou.

Císař a král Josef II. se pokládal za oprávněného zasahovat do vnitřních záležitostí církve, včetně detailů obřadů. Zklamal též římskou církev vyhlášením tolerančních patentů umožňujících v jednotlivých zemích říše praktikování jiných vyznání.

Pro vskutku soudobou etapu vztahů je ovšem podstatné ujasnit také formální pozici obou partnerů. Obecně rozšířená představa, že vztahy se týkají městského státu Vatikán o území necelého půl čtverečního kilometru obklopeného městem Římem, je totiž zcela mylná.

Po zániku papežského státu a vzniku novodobého státu italského v 19. století bylo sídlo papeže nominálně na italském území, ale fakticky stát do jeho vnitřních záležitostí nezasahoval. Díky úspěšnému jednání Svatého stolce s Mussoliniho fašistickým režimem nastalo současné uspořádání, kdy existují dva samostatné subjekty, městský stát Vatikán a Svatý stolec.

Technické záležitosti Vatikánu řídí Papežská komise pro stát Vatikán. Jejím předsedou je v současnosti kardinál Giuseppe Bertello. K vatikánské agendě patří např. měna, doprava, pošta, veřejný pořádek, správa objektů, provoz vatikánských muzeí.

Svatý stolec je právním subjektem, který oficiálně reprezentuje římskou církev jako celek. Tvoří ho papež spolu s římskou kurií. Ta se skládá z papežských kongregací (např. pro nauku víry, pro biskupy, pro svatořečení a blahořečení, pro svátosti a bohoslužbu), papežských rad (např. pro jednotu křesťanů, pro mezináboženský dialog, pro kulturu), dvou tribunálů (Apoštolská signatura a Svatá rota), papežských komisí a různých dalších úřadů.

Papež pověřuje vedením kurie kardinála, jehož titul zní kardinál státní sekretář. V současnosti je to kardinál Pietro Parolin. Označení „státní sekretář“ ukazuje, že nezávisle na Vatikánu je římskokatolická církev útvarem, který má atributy státu. Je subjektem mezinárodního práva a navazuje diplomatické styky se státy. Jeho vedoucí diplomaté, obvykle připravení po předchozím získání předepsaného akademického stupně v teologii na Papežské diplomatické akademii, jsou označováni jako nunciové.

Státy mají při Svatém stolci své velvyslance. Na základě ujednání Vídeňské konference vítězných mocností v konfliktu s napoleonskou Francií z roku 1815 má nuncius v zemi, kde působí, funkci doyena diplomatického sboru, tedy osoby, která zastupuje zájmy diplomatů vůči místním úřadům.

První republika až 90. léta

Vztahy se Svatým stolcem navázala po svém vzniku Československá republika. V té době již liberalizované poměry umožňovaly církvi přímý kontakt s papežem a kurií. Nunciatura plnila podobné úlohy jako v současnosti. První nuncius odevzdal pověřovací listiny roku 1920.

Republika však zároveň odebrala katolické církvi privilegované postavení. Zbavila ji značné části jejího majetku (a tím i schopnosti z výnosu majetku financovat svou činnost) pozemkovou reformou z roku 1919. Rozhodující osobnosti státu se o římské církvi vyjadřovaly kriticky. Vztahy byly napjaté a k určité jejich normalizaci došlo až uzavřením modu vivendi roku 1928.