Postupné otevírání mateřských škol provází nejasnosti, obavy rodičů i učitelů. Mateřské školy nebyly, na rozdíl od základních a středních, od počátku koronavirové krize centrálně uzavřeny. Rozhodnutí o jejich uzavření nebo omezení činnosti zůstalo na ředitelích mateřských škol, jednotlivých obcích a dalších zřizovatelích. Vláda vydala pouze doporučení je uzavřít.

Pokud nějaká školka zůstala otevřená, vznikal od začátku problém pro rodiče, kteří nemohli žádat o ošetřovné, ačkoli ho vláda pro rodiče nabídla. Podmínkou ošetřovného totiž bylo, a zatím stále je, potvrzení o uzavření školy nebo školky.

Provoz mateřských škol od počátku krize nebyl ani nijak jasně upraven. Mohl běžet v plném počtu dětí ve třídách, až osmadvacet dětí na jednu učitelku. Rozdíl v opatřeních mezi dětmi ve školce a dětmi podobného věku na prvním stupni základních škol přitom nebyl nijak epidemiologicky zdůvodněn. I nyní je nastaven limit patnáct dětí u prvního stupně základních škol, ale u školek není žádný. V některých zemích přitom při částečném otevírání počty dětí na třídu mateřské školy omezují — například ve Francii na maximálně deset dětí.