Bratrská jednota baptistů, početně skromné křesťanské společenství (při sčítání lidu roku 2011 se k nim přihlásilo 3 486 osob), vstoupilo do širšího povědomí, když se odmítlo připojit k náboženským společnostem vyjmenovaným v zákoně o majetkovém vyrovnání s církvemi (č. 428/2012), které mají od státu dostat politicky stanovené částky peněz rozložené do splátek na dobu třiceti let.

Baptisté se chápou jako svobodná církev a k jejich tradici patří trojí svoboda. Je to svoboda jednotlivce, který se nestává členem církve, protože se narodil baptistickým rodičům. Rozhodnutí pro cestu víry a následování je na svobodném rozhodnutí každého jednotlivce, a až na tomto základě je pokřtěn (symbolicky ponořen do vody) a stává se členem církve. Druhou svobodou je svoboda místního sboru vůči církevnímu vedení. Ústředí církve (v našem případě konference a výkonný výbor Bratrské jednoty baptistů) sborům nic neurčuje a má spíše koordinující a servisní roli. Třetí svobodou je svoboda od státu na rozdíl od tradičních církví, včetně církví historické reformace.

Na svobodu od státu se čeští baptisté odvolali, když odmítli uzavřít smlouvu, která by jim na základě zákona zajistila 227 862 069 korun od státu. Letošním rokem jim (a šestnácti dalším, které se připojily) končí dosavadní příspěvek ze státního rozpočtu v plné výši. V dalších letech bude klesat příspěvek k nule. Baptisté předpokládají, že sbory spíše nebudou schopny finančně pokrýt mzdové náklady svých kazatelů a připouštějí v neformálních vyjádřeních, že se kazatelé budou muset živit jinou prací a kazatelskou službu konat na dobrovolnické bázi nebo za velmi skromnou odměnu od sboru.

Sbor v Praze na Pankráci, sídlící v ulici na Topolce na své webové prezentaci informuje o sporu, který se týká jejich svobody interpretovat Bibli, která je jediným pravidlem víry a praxe. Neexistuje žádné závazné magisterium, učitelská autorita, jíž by se musely sbory a jednotlivci podřídit.

Baptisté na Topolce dospěli k tomu, že řádnými členy sboru mohou být i muži a ženy žijící v partnerství s osobou stejného pohlaví. Pokud jde o životní partnerství může člověk hřešit sobectvím a zneužíváním druhého člověka, ale samo stejnopohlavní soužití na základě společného uvažování o Bibli za hřích nepovažují.

Baptistické vedení — reprezentující nejspíš většinu ze šestačtyřiceti baptistických sborů (včetně stanic spravovaných sbory a včetně sborů cizojazyčných a zahraničních) — to odmítá. Žádá od sboru na Topolce, aby své stanovisko ve stanovené lhůtě revidoval, a pokud k tomu nedojde, hrozí jeho vyloučení ze společenství jednoty. V publikované korespondenci sbor, respektive jeho členové (včetně profesora systematické teologie na Evangelické teologické fakultě UK Petra Macka) hájí svobodu sboru.

Sbor na Topolce hájí stanovisko, že lze být skutečně věřícím a oddaným křesťanem, jak je to pro svobodné, vyznavačské křesťanství charakteristické, a přesto praktikovat alternativní životní styl podle osobních nebo skupinových možností a předpokladů. To se jeví pro budoucnost křesťanství jako určující.