Přibližně třetina ze zhruba 80 tisíc rostlinných a živočišných druhů žijících na území České republiky se podle přírodovědců nachází v nepříznivém stavu. Pouze přibližně pětinu sledovaných druhů hodnotí jako bezproblémovou. Stovky druhů už vymřely nebo vymizely, je mezi nimi 84 druhů hub, 27 mechorostů, 118 cévnatých rostlin, 627 bezobratlých a 22 obratlovců. Inventuru stavu přírody nechal před dvěma lety provést exministr životního prostředí Ladislav Miko. Vyplynulo z ní, že druhy nejvíc ohrožuje změna hospodaření v krajině.

Za přímý důsledek rozsáhlých změn zemědělské krajiny v druhé polovině 20. století dokument označuje úbytek druhů cévnatých rostlin. Do některého ze stupňů ohrožení patří polovina z nich. Na každý z 22 známých druhů připadá jeden, který nebyl v posledních letech nebo desetiletích na území České republiky pozorován, více než polovina z nich je považována za vyhynulé. Vyhynuly některé druhy orchidejí, citlivé především na znečištění prostředí, různé druhy plevelů včetně kdysi hojného koukolu polního.

Z porovnání Červených seznamů cévnatých rostlin pro léta 1979, 1995, 2000 vyplývá trend dlouhodobého zhoršování jejich stavu. Nejvýrazněji se projevuje u kriticky ohrožených druhů. Z původních 267 v roce 1979 se jejich počet v roce 2000 téměř zdvojnásobil. Mezi vyhynulými je i jestřábník Purkyňův, který v České republice rostl jako na jediném místě na světě.

S více než 11 procenty vyhynulých druhů denních motýlů se Česká republika řadí po státech Beneluxu na čtvrté místo v Evropě a dokonce na první místo v absolutním počtu ztrát. Kriticky ohrožené druhy přežívají v posledních populacích a bez cílených opatření je jejich vyhynutí podle přírodovědců otázkou času. Druhy motýlů dříve všeobecně rozšířených ustupují z běžné zemědělské a lesní krajiny. Celkem na území České republiky žije 161 denních druhů z celkových 3300. Poznatky o jejich stavu ilustrují podle autorů zprávy žalostný stav většiny hmyzu s výjimkou vodních skupin a skupin vázaných na mrtvé dřevo.

Červené seznamy obojživelníků a plazů uvádějí, že vyhubení hrozí více než polovině z nich. Z obou skupin v kategorii ohrožených jsou chráněny téměř všechny druhy obojživelníků a všech 11 druhů plazů. Například čolek dunajský, dravý, hranatý a karpatský, ropucha krátkonohá a užovka stromová jsou zastoupeny mnohdy pouze jednou nebo několika populacemi.

Mezi 200 druhy ptáků, kteří u nás hnízdí, a dalšími desítkami druhů, které zde pouze zimují či přelétávají, je pět druhů globálně ohrožených. Na úrovni Evropy je ohroženo 37 procent druhů, Červený seznam České republiky uvádí v kategoriích ohrožených druhů celkem 52 procent ptáků. Ve srovnání s počátkem 80. let 20. století početnost asi třetiny druhů v České republice poklesla a u třetiny vzrostla.

Červený seznam savců uvádí v kategorii ohrožených druhů téměř pětinu druhů savců. Mezi nejvíce ohrožené zástupce patří netopýři, sysel obecný, tchoř stepní a velké šelmy.