V současné době bylo již zastaveno čerpání z pěti fondů Evropské unie. Týká se to Operačního programu Životní prostředí, Operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace, Operačního programu Podnikání a inovace, ROPu Jihozápad a ROPu Severozápad. Stát tak může přijít až o stovky miliard korun.

Podle bývalého komisaře EU Vladimíra Špidly (ČSSD) je v současné době v ohrožení až 330 miliard z celkových 760 miliard korun, které může Česká republika v letech 2007—2013 čerpat. Namísto řešení těchto problémů se vládní strany zmítají ve vzájemných sporech.

„ČSSD považuje za alarmující, že současná vláda je ochotna na jedné straně vědomě hazardovat se ztrátou stovek miliard korun a na druhé straně škrtat tisícikorunové položky postiženým, rodinám s dětmi či sociálně nejslabším a tím za cenu uvržení desítek tisíc lidí do těžké chudoby získat přibližně pět set milionů. Taková politika koaliční vlády je zcela v rozporu s elementární společenskou zodpovědností,“ upozorňuje Vladimír Špidla v Parlamentních listech.

Ministerstvo financí naposledy zastavilo ověřování výdajů z  Operačního programu Životní prostředí, což znamená, že EU automaticky ukončí proplácení projektů v celkové hodnotě 142 miliard korun. Certifikace výdajů byla zastavena v souvislosti s odvoláním ředitele SFŽP Libora Michálka, který poukázal na korupci v čerpání fondu.

Před dvěma týdny Evropská komise zastavila také čerpání peněz z Operačního programu Podnikání pro inovace. Na jeho vedení spolupracují ministerstva průmyslu a financí. Právě Kalouskovo ministerstvo komise ostře kritizovala. „Auditní orgán, který musí provádět nezávislé kontroly hospodaření, nedostatečně vede a monitoruje auditorskou činnost svých delegovaných pracovišť," zdůvodnili v Bruselu pozastavení peněz.

Problémy v programu pro výzkum, vývoj a inovace se táhnou již několik let. Korunu jim však nasadil ministr Josef Dobeš (VV), jenž před několika měsíci odvolal prakticky celý tým na ministerstvu školství a dodnes nebyl schopen fungování dostatečně obnovit. Když ředitel ministerského auditu Evžen Mrázek na nedostatky v říjnu loňského roku upozornil, dočkal se propuštění i on. Stejně jako v případě projektu Podnikání pro inovace zastavilo projekt Kalouskovo ministerstvo, které odmítlo přijímat k dalšímu vyřízení projekty, které MŠMT proplatilo.

Pozastaveny byly i regionální programy v Ústí nad Labem, Karlových Varech a Českých Budějovicích. Ředitele regionu Severozápad Petra Kušnierze totiž spolu s dalšími šesti lidmi obvinila policie z braní úplatků a další trestné činnosti. I v tomto případě přestalo ministerstvo financí jak s certifikací, tak s proplácením nákladů. Další vývoj záleží do značné míry na postupu Útvaru pro odhalování organizovaného zločinu. V případě regionu Severozápad se přitom jednalo o projekty za necelých dvacet miliard korun.

Evropská komise rovněž váhá se schválením šestnácti tzv. velkých projektů na stavbu silnic, na které Češi žádají pětapadesát miliard.