S vývojem léku na koronavirus může pomoci každý vlastník počítače

Mikuláš Peksa

Pirátský europoslanec představuje Projekt Folding@home, který umožňuje použít kapacitu osobních počítačů k propočítávání tvaru bílkovin virů. Je to drobný způsob, kterým může každý přispět k rychlejšímu vývoji léku.

Pandemie choroby COVID-19, způsobená koronavirem SARS-CoV-2, vyvolala vlnu nebývalé solidarity. Řada lidí chce pomoci dobrovolnicky, přímé zapojení ale mnohdy naráží na nedostatek ochranných pomůcek, testovacích sad a dalšího vybavení. Pro vlastníky domácích počítačů se ovšem naskýtá i možnost zapojit se do vývoje léků — skrze projekt Folding@home.

Naše noviny stojí v první linii boje za svobodnou novinařinu a lidská práva. Podpořte nás a přidejte se k nám!
×

Pro vývoj léků proti virům je dobré znát strukturu jejich klíčových bílkovin. Lék může fungovat například tak, že pasuje do virové bílkoviny asi jako klíč do zámku, takže se virus díky nim pak nemůže vázat na bílkoviny lidského těla.

Zjistit pořadí aminokyselin tvořících bílkovinu není zase takový problém, těžší je zjistit, jak se konkrétně protein sbalil ve vodě (a jaký má tedy vlastně tvar). V současnosti není moc jiných alternativ než propočítat pohyb a vzájemné srážky desítek tisíců atomů tvořících protein a jeho vodní obálku. A právě tady může pomoci každý, kdo vlastní počítač s trochu lepší grafickou kartou.

Stačí si ze stránek projektu Folding@home stáhnout potřebný software. Ten je k dispozici pro Windows, macOS i linuxové systémy. Verze pro linux obsahuje 3 různé balíčky dostupné ve formátu .deb i .rpm obsahující výpočetní modul (fahclient), kontrolní modul (fahcontrol) a zobrazovací modul (fahviewer), ostatní platformy mají všechny tři moduly jako součást jednoho balíčku.

Po nainstalování je třeba přizpůsobit nastavení v kontrolním modulu. V menu Configure, záložka Slots, je třeba přidat (add) grafickou kartu (GPU). Program totiž v základním nastavení používá pouze procesor počítače. Při přidávání uveďte v „Extra slot options“ nastavení name: „client-type“ a value: „beta“ (vždy bez úvozovek). Starý typ klienta totiž na koronavirových bílkovinách nefunguje.

Podaří-li se vám výše uvedené, měl by si váš počítač z internetu automaticky stáhnout koronavirové bílkoviny, začít počítat a své výsledky odesílat vědcům řídícím projekt. Pravděpodobně uslyšíte rychlejší běh větráčku — plně zatížená grafická karta má vyšší spotřebu elektřiny a tím pádem více hřeje. Po několika hodinách by vám zobrazovací modul měl ukázat pohyb vámi analyzované bílkoviny (zhruba jako na obrázku).

Na počátači se vám objeví zhruba něco takového. Repro DR

V době koronavirové pandemie nechávají vědci analyzovat přednostně bílkoviny viru SARS-CoV-2. Folding@Home ale nemusíte opouštět ani po jejím skončení. Vědci ho používají k analýze jiných chorob, případně lze v nastavení vybrat, zda chcete podporovat přednostně třeba výzkum rakoviny, Parkinsonovy, Alzehimerovy nebo Huntingtonovy choroby.

    Diskuse
    March 19, 2020 v 16.10
    Přímý link na sofwtare ke stažení

    Výborný nápad, akorát v článku chybí přímý link na stažení softwaru, neajťaci můžou mít trochu problém stránku najít, je to zde:

    https://foldingathome.org/iamoneinamillion/