Několik občanských organizací upozornilo na přehlížení nežádoucích účinků spojených s očkováním. Předseda Společnosti pacientů s následky po očkování Václav Hrabák poukázal na to, že se setkávají se stále větším počtem nežádoucích účinků po očkování. V České republice se podle něho ví o stovkách případů ročně, ale vzhledem k tomu, že se nahlašuje jen jejich velmi malá část, může se jednat až o tisíce.

Jedná se o závažné neurologické (například hypotonie, regres ve vývoji, poruchy řeči či epilepsie) a imunologické problémy (alergie či autoimunita), ale za dobu, kdy se věnují očkování a volají po zvýšení bezpečnosti očkování, se ze strany odborníků nesetkali s jakoukoli pozitivní reakcí.

„Česká vakcinologická společnost stále tyto problémy pouze bagatelizuje a pomocí PR kampaní se jen snaží přesvědčovat o jednoznačném přínosu očkování se zanedbatelnými problémy,“ zdůraznil Hrabák a dodal: „Proto sílí i hlasy kritiků očkování. Naše společnost není proti plošnému očkování, chceme však zvýšit jeho bezpečnost.“

Pět z deseti členů Národní imunizační komise, poradního orgánu ministra zdravotnictví, který podle Hrabáka v podstatě rozhoduje o tom, které vakcíny budou povinně očkovány, jsou právě z České vakcinologické společnosti.