Sdružení Jihočeské matky, Občanská iniciativa pro ochranu životního prostředí a Calla podaly ve spolupráci s právní kanceláří Frank Bold Legal žalobu vůči rozhodnutí Státního úřadu pro jadernou bezpečnost (SÚJB), kterým bylo povoleno umístění nových reaktorů v Temelíně. Žalují nejen vady rozhodnutí SÚJB, ale zejména postup Ministerstva životního prostředí (MŽP) pod vedením tehdejšího ministra Tomáše Chalupy. Přestože souhlasné stanovisko MŽP na závěr hodnocení vlivů na životní prostředí (EIA) bylo vydáno už v lednu 2013, umožňují české zákony právní ochranu zúčastněným obcím a spolkům až v následujícím správním řízení, kterým je právě napadené rozhodnutí SÚJB.  Podnět na přezkum postupu MŽP ministr Chalupa smetl ze stolu. 

Hlavní důvody pro žalobu jsou:

1. Závažné nedostatky procesu EIA ze strany MŽP. Ministerstvo ignorovalo závěry ze zjišťovacího řízení, které samo vydalo v roce 2009 a po výměně ministrů již na nich netrvalo. Navazující dokumentace ani posudek tak neobsahují všechny náležitosti dle zákona. Nebyly zhodnoceny dopady konkrétních uvažovaných typů reaktorů na životní prostředí, schopnost zařízení odolat různým potenciálním vnějším ohrožením (pád dopravních letadel, teroristický útok apod.), nebyl předložen způsob bezpečné likvidace vyhořelého jaderného paliva včetně doložení místa pro výstavbu hlubinného úložiště a další.
2. Připomínky, které žalující organizace podaly v procesu EIA, byly ze strany MŽP vyhodnoceny nedostatečně či jen formálně, samotné stanovisko MŽP není řádně odůvodněné.
3. Konkrétní vyjmenované rozpory postupu SÚJB při řízení se správním řádem — jednání úřadu připomínalo spíše postup konzultačního orgánu firmy ČEZ a ne správního orgánu. 

Podle Moniky Machové Wittingerové z Jihočeských matek připomíná celý proces povolování výstavby nových bloků v Temelíně frašku. „Již proces EIA měl závažné nedostatky. Následná řízení probíhají ve stejném duchu, pod taktovkou ČEZ, za vydatné podpory Státního úřadu pro jadernou bezpečnost,“ vysvětluje Wittingerová

Celkově šlo o formální proces hodnocení vlivů nových reaktorů na životní prostředí, do nějž se promítaly politické změny ve vedení ministerstva. Hodnocení probíhalo metodou černé skříňky, tedy jen možných hypotetických vlivů konkrétních technologií. A to i přesto, že tehdy uvažované typy reaktorů byly výrazně odlišné konstrukce, generací a různých výkonů se zásadně rozdílnými dopady na životní prostředí. Výsledné podmínky stanoviska MŽP pak SÚJB ani nepřevzal do svého povolení. Pokud by měla být zahájena příprava nových reaktorů v Temelíně, musí hodnocení vlivů na životní prostředí proběhnout znovu.

Pavel Vlček za Občanskou iniciativu pro ochranu životního prostředí se v souvislosti s průběhem povolovacího procesu podivuje nad tím, že ani poučení z Fukušimy nevedlo v České republice k tomu, aby povolovací proces k novým jaderným blokům probíhal korektně. „Například není možné posuzovat vlivy stavby bez znalosti konkrétního typu reaktoru a rozhodnutí o něm posouvat až na dobu po ukončení tohoto procesu. Od Fukušimy sice na jedné straně přibývají požadavky na bezpečnost nových jaderných elektráren, na druhé straně k nim však mohou probíhat takto degradovaná povolovací řízení, varuje Vlček.

Edvard Sequens z Cally ho doplňuje: „Proces hodnocení vlivů na životní prostředí považujeme za zmanipulovaný a budeme jej žalovat. To jsme avizovali již před dvěma lety. Zákony to umožňují až skrze vydaná navazující řízení a tím bylo rozhodnutí Státního úřadu pro jadernou bezpečnost. Pokud se nyní pro Temelín uvažuje s reaktory korejské nebo jiné asijské výroby, je jasné, že se musí celé hodnocení zopakovat.“