Resort životního prostředí zveřejnil souhlasné stanovisko s vyhodnocením vlivů Dopravní sektorové strategie na životní prostředí. Téměř polovina doporučení na ochranu životního prostředí se týká staveb na Labi, jedná se zejména o zlepšení plavebních podmínek u Děčína.

Dalšími zjištěnými negativními vlivy těchto staveb je znečištění ovzduší a zásah do evropsky chráněných lokalit a ptačích oblastí. Stanovisko je podkladem pro čerpání peněz z Operačního programu Doprava do roku 2020.