Státní zastupitelství vzniklo v roce 1993 přerodem z původní prokuratury. Té bylo po sametové revoluci vytýkáno, že byla postavena na monokratickém principu, v čele s generálním prokurátorem, který mohl zasahovat do jednotlivých kauz až na úroveň okresů. Dále jí bylo vytýkáno, že byla převzata ze sovětského modelu, což se ovšem nezakládalo na pravdě, neboť prokuratura byla svým skutečným původem francouzským modelem.

Státní zastupitelství začalo fungovat v roce 1993 a článkem 80 Ústavy bylo vřazeno do moci výkonné. V zákoně o státním zastupitelství se to odráží řadou oprávnění ministra spravedlnosti vůči resortu státního zastupitelství, například jmenování státních zástupců, určování jejich počtu, zajištění financování resortu atd. Jakkoliv byly tyto pravomoci oproti původnímu znění zákona o státním zastupitelství v roce 2002 novelou významně oslabeny (do té doby byl ministr spravedlnosti služebně nadřízen nejvyššímu státnímu zástupci a vykonával dohled nad činností Nejvyššího státního zastupitelství), stále je závislost státního zastupitelství na moci výkonné dle stanoviska Ústavního soudu natolik významná, že „zákonodárcem zvolené funkční uspořádání institucionálně nebrání možným ingerencím exekutivy do rozhodování státních zástupců“, přičemž „právě potencionalita možného účinného nátlaku brání považovat státního zástupce za orgán nezávislý, jak to má na mysli Úmluva“.

Dalším významným faktorem oslabujícím nezávislost státního zástupce je samotná vnitřní struktura fungování státního zastupitelství, spočívající na vztazích nadřízenosti a podřízenosti jak mezi jednotlivými stupni státního zastupitelství, tak i uvnitř jednotlivých úřadů - i když i zde došlo oproti bývalé prokuratuře k oslabení principů centralizace a monokracie.

Naproti tomu je zřejmé, že státní zastupitelství svojí úlohou i postavením vybočuje z rámce běžných orgánů výkonné moci a je specifickým útvarem. Nejedná se o správní orgán, což svoji judikaturou potvrdil i Nejvyšší soud. Posláním státního zastupitelství je reprezentovat veřejný zájem, zejména v trestním řízení, což z něho činí jednoznačně orgán justiční povahy, který se podílí na uskutečnění spravedlnosti. I když zákonem o státním zastupitelství není přímo zakotvena nezávislost státního zástupce, je zde však stanoveno v § 2 odst. 2, že státní zástupci vykonávají svoji působnost nestranně a dbají na ochranu základních práv a svobod. Státní zástupce musí postupovat nestranně, spravedlivě a musí odmítnout jakýkoliv vnější zásah nebo jiný vliv, jehož důsledkem by mohlo být porušení těchto povinností.

Již novela z roku 2001 posílila nezávislost státního zástupce i v tom směru, že státní zástupce už nemá za povinnost chránit zájmy státu, ale veřejný zájem, což je nepochybně pojem nadřazený. Lze si představit, že zájem státu nemusí být vždy totožný s nedotknutelnými právy a svobodami občanů.

Současná vláda s ohledem na nedávné negativní zkušenosti s fungováním státního zastupitelství deklarovala ve svém programovém prohlášení další posilování jeho nezávislosti. Pokud je tento záměr míněn skutečně vážně, nadešel čas pro vznik nového, kvalitního a moderního zákona o státním zastupitelství, neboť další případná novelizace toho starého by již nebyla přínosem a nedokázala by vyřešit řadu problémů, které téměř dvacetiletá praxe s fungováním státního zastupitelství přinesla. Na stole je věcný záměr nového zákona o státním zastupitelství, který má ambiciozní rozměr, ale bude ještě údajně dopracováván, jak ohlásil nový ministr spravedlnosti Pavel Blažek.

V současné době je pověst státního zastupitelství v očích veřejnosti poškozena a  důvěra klesla na minimum. Je proto na současném novém vedení jak státního zastupitelství, tak i na čerstvém ministru spravedlnosti, kam bude ve skutečnosti další osud státního zastupitelství nasměrován a zda státní zastupitelství dostane opravdovou šanci i novým zákonem svoji pověst a důvěru občanů obnovit.

Bude to vyžadovat trpělivost v jednání, jasnou koncepci směřování a přesvědčivost argumentů, pramenících v dosavadní praxi. Není třeba zdůrazňovat, že tato doba je mnohem brutálnější a někteří politici nevědí, kam až mohou zajít a co si k justičním orgánům vůbec mohou dovolit. Pomyslné, nepsané hranice v této sféře se  bohužel vytrácejí a justice je mnohdy pojímána jen jako prostředek k dobytí nebo udržení moci, což je nepřípustné. Tlaky na orgány činné v trestním řízení vzrůstají v přímé úměře s obavou některých pachatelů sofistikované trestné činnosti, že budou odhaleni a  konfrontováni se zákonem.

Je proto nanejvýš nutné poskytnout státnímu zastupitelství veškerou pomoc, aby své úkoly mohlo skutečně nestranně, spravedlivě a efektivně plnit. Věřím proto, že bude i novým zákonem o státním zastupitelství skutečně posílena deklarovaná autonomie státního zastupitelství, jak bylo vládou opakovaně přislíbeno, včetně finanční odluky od MS ČR, a že se tento původní záměr nerozplyne v trapných výmluvách a kličkované.