Státní zastupitelství vzniklo v roce 1993 přerodem z původní prokuratury. Té bylo po sametové revoluci vytýkáno, že byla postavena na monokratickém principu, v čele s generálním prokurátorem, který mohl zasahovat do jednotlivých kauz až na úroveň okresů. Dále jí bylo vytýkáno, že byla převzata ze sovětského modelu, což se ovšem nezakládalo na pravdě, neboť prokuratura byla svým skutečným původem francouzským modelem.

Státní zastupitelství začalo fungovat v roce 1993 a článkem 80 Ústavy bylo vřazeno do moci výkonné. V zákoně o státním zastupitelství se to odráží řadou oprávnění ministra spravedlnosti vůči resortu státního zastupitelství, například jmenování státních zástupců, určování jejich počtu, zajištění financování resortu atd. Jakkoliv byly tyto pravomoci oproti původnímu znění zákona o státním zastupitelství v roce 2002 novelou významně oslabeny (do té doby byl ministr spravedlnosti služebně nadřízen nejvyššímu státnímu zástupci a vykonával dohled nad činností Nejvyššího státního zastupitelství), stále je závislost státního zastupitelství na moci výkonné dle stanoviska Ústavního soudu natolik významná, že „zákonodárcem zvolené funkční uspořádání institucionálně nebrání možným ingerencím exekutivy do rozhodování státních zástupců“, přičemž „právě potencionalita možného účinného nátlaku brání považovat státního zástupce za orgán nezávislý, jak to má na mysli Úmluva“.