Havárie jaderného reaktoru nastane s velmi malou pravděpodobností, ale zato následky budou katastrofální. Podobný nepoměr existuje i u vyhořelého, přesněji „použitého“ jaderného paliva. Jeho objem resp. množství je až překvapivě malé — každá z obou českých jaderných elektráren ho produkuje asi padesát tun za rok. Zato jeho nebezpečnost, a tím i zneužitelnost je vskutku mimořádná, vždyť obsahuje zhruba 90 % uranu ve srovnání s novým palivem.

Kam s ním?

Vyhořelé palivo je možné znovu přepracovat, ale to je velmi technologicky a hlavně ekonomicky náročné. Takto získané palivo je totiž dražší než z přírodního uranu. Jinou možností je jaderná přeměna čili transmutace. S pomocí svazku elektronů z lineárního urychlovače je možné přeměnit vyhořelé palivo na radioizotopy s krátkým poločasem rozpadu, buď znovu využitelné jako palivo v elektrárnách, nebo alespoň snáze — rychleji zneškodnitelné. Princip transmutační technologie je sice znám už od 50. let 20. století, ale metoda je dosud provozována jen v laboratorním nebo podle některých optimistů v poloprovozním měřítku. V nejbližších letech se vůbec nepředpokládá její průmyslové využití a i v delší budoucnosti je velmi nejisté.

Obecným způsobem nakládání s vyhořelým palivem a jinými vysoce radioaktivními odpady je proto ukládání do tzv. trvalých, hlubinných úložišť. Izolaci od okolního prostředí zajišťují různé bariéry technické i přírodní. Ty první mívají životnost v řádu desítek až stovek let, ty druhé — jde mj. o stabilitu geologických formací — až milióny let. Úložiště vojenských vysoce radioaktivních odpadů v Novém Mexiku v USA má certifikaci na deset tisíc let.

Palivo v jaderných elektrárnách se po „vyhoření“ chladí několik let ve zvláštním bazénu, který bývá umístěn vedle reaktoru nebo jinde v areálu jaderného zařízení. Někdy se v bazénu skladuje i delší dobu, přičemž alternativou, používanou i v ČR, je suché skladování v ocelových kontejnerech. Ty představují hlavní funkční bariéru a po několik desítek let mohou být uloženy na volné ploše nebo v jednoduchých a relativně lehkých stavbách — meziskladech. Jaderné elektrárny v Dukovanech i v Temelíně mají mezisklady přímo v areálech.

V Německu i na severu se stát radí s obcemi