Pernes od nástupu do funkce počátkem dubna čelí kampani, která poukazuje na to, že při výběru šéfa úřadu zatajil předlistopadové studium komunistické Večerní univerzity marxismu-leninismu (VUML). Jiří Pernes ihned v den svého jmenování 1. dubna odvolal z funkce dva náměstky ředitele. Uvedl, že na obsazení některých funkcí vypíše výběrové řízení a objedná nezávislý personální audit ústavu.

Stoupenci i odpůrci Pernese zorganizovali několik petic. Nového ředitele podpořilo na sedmdesát historiků a archivářů ÚSTR a Archivu bezpečnostních složek, kteří ve svém prohlášení deklarovali plné respektování výsledků výběrového řízení.