Ústav pro studium totalitních režimů rozhodně nepřipomíná poklidné vědecké pracoviště. Za působení předchozího ředitele Pavla Žáčka byl často kritizován pro nedostatečnou odbornost, silnou politizaci, neschopnost spolupráce s akademickou obcí a prosazování „jediné pravdy“.

Nastupující ředitel Jiří Pernes, jehož rada vybrala nejtěsnějším poměrem hlasů, zase vyvolal kontroverze krátce po svém zvolení, kdy vyšlo najevo, že studoval Večerní univerzitu marxismu-leninismu. V úvahu tak dokonce připadala varianta, že rada ústavu vypíše nové výběrové řízení.

Nejvýznamnější brněnský předlistopadový disident Jaroslav Šabata dnes ale připomněl občansky statečné postoje Jiřího Pernese v období normalizace. „Všechno, co se na něj nyní nalepovalo v souvislosti s jednou jedinou věcí, je nepřijatelné. Pernes je důstojnou postavou normalizace, a nikoli pokřivenou oportunistickou figurou. A jestli bych mu něco vytkl, pak to, že svou důstojnost nebrání energičtěji,“ podotýká ke sporu o nového ředitele ÚSTR Šabata.

Celý konflikt vyvrcholil v úterý, kdy předsedkyně rady a předsedkyně Konfederace politických vězňů Naděžda Kavalírová odmítla Pernesův jmenovací dekret podepsat. Neobvyklý postup Kavalírové vyvolal na úterním zasedání rady kontroverze. „Chápu, že pro ni nějaké rozhodnutí rady může být nepřijatelné a odmítne ho stvrdit podpisem. V takovém případě ovšem musí následovat její rezignace,“ řekla Deníku Referendum členka rady Petruška Šustrová.

Rada proto přistoupila ke změně stanov a jmenovací dekret nakonec místo Kavalírové podepsala právě Šustrová, která v té situaci připomněla, že Jiří Pernes byl zvolen demokraticky a podle platných stanov.

Jiřího Pernese v čele ústavu si však neumějí představit dva členové vědecké rady ÚSTR Jiří Gruša a Eduard Stehlík. Ti dnes oznámili svoji rezignaci. Stehlíkovi vadí především předchozí působení Pernese ve vědecké radě ústavu. „Není možné, aby nový ředitel vstupoval do výběrového řízení za situace, kdy mu bývalý ředitel dal maximální důvěru, byl zásobován informacemi," uvedl vojenský historik Stehlík.

Gruša se zase obává, že bude Pernes politicky ovlivnitelný. „Pan Pernes představuje byrokratickou strukturu, která je politicky ovlivnitelná. To není výtka vůči němu, ale obava,“ řekl Gruša serveru iDnes.cz

V této souvislosti je pozoruhodné, že další člen vědecké rady historik Vilém Prečan již před několika dny ostře kritizoval současné vedení ústavu. „Jen postupně jsem zjišťoval, jak si někteří lidé z ODS přivlastňují ÚSTR jako svou doménu, div ne vlastnictví,“ vytýká Žáčkovi v otevřeném dopise Prečan.

„Ústav se zbytečně a na škodu věci izoluje, že především v jeho vedení přetrvává konfrontační mentalita či „ostrovní“ myšlení. Velká část jeho výzkumných pracovníků a autorů různých vzdělávacích programů neprošla dlouhodobou vědeckou průpravou a nemá dostatečné znalosti a zkušenosti co do metody vědecké práce, teoretických a někdy i obecně historických znalostí,“ pokračuje ve své kritice Prečan.

Proti novému řediteli se naopak postavila část zaměstnanců, podle nichž je zvolení Pernese důsledkem snahy o omezení kritického bádání. Naopak na stranu Pernese se postavili odboráři. „Základní odborová organizace ÚSTR respektuje rozhodnutí Rady o výběrovém řízení na ředitele,“ píše se v usnesení odborářů, které má Deník Referendum k dispozici.

Hned první den v novém úřadě Jiří Pernes nezahálel. Ze svých funkcí propustil oba náměstky, šéfa kanceláře a ředitele odboru ekonomiky. Tímto krokem se definitivně distancoval od Žáčkova vedení. Zároveň však vyvolal další vlnu kritiky, podle radního Patrika Bendy totiž radě slíbil, že nejprve provede v ústavu personální audit.

Jen pro srovnání: v letech 1990 až 2009 vydal Ústav pro soudobé  dějiny na tři stovky knižních publikací k československým  poválečným dějinám (například edice dokumentů k Pražskému jaru čítá přes deset často několikadílných svazků, které jsou uvedeny  zásadními interpetačními studiemi) a dalších několik desítek publikací vydali jeho zaměstnanci v jiných nakladatelstvích. Ústav pro studium totalitních režimů oproti tomu publikoval v letech 2008 a 2009, přesně řečeno za prvních dvaadvacet měsíců své existence, dvacet monografií oblasti neperiodických publikací, edic dokumentů, memoárů či sborníků z konferencí a seminářů. Dalších devatenáct publikací vyšlo ve formě katalogů, příruček či informačních brožur.

Státní rozpočet se v roce 2008 podílel na činnosti Ústavu pro soudobé dějiny částkou pětapadesáti milionů korun, několik  milionů navíc ÚSD získal z vědeckých grantů. Oproti tomu rozpočtová kapitola ÚSTR  činila za rok 2008 okolo 183 milionů korun, nicméně rok 2008 byl pro ÚSTR rokem vzniku, kdy se materiálně a technologicky vybavoval. Bylo by proto korektní srovnávat data za rok 2009, neboť jak vloni, tak v letošním roce pracuje ÚSTR s rozpočtem v podstatě polovičním (cca 88 800 000 korun). 

Aby mělo srovnání financování ÚSTR a ÚDS výpovědní hodnotu, z rozpočtové částky ÚSTR by bylo třeba vyčlenit prostředky určené specificky pro Archiv bezpečnostních složek. Deníku Referendum však toto číslo tiskový mluvčí Jiří Reichl nebyl schopen sdělit.