Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ) zveřejnil závěry kontroly hospodaření ministerstva zdravotnictví v letech 2010 až 2013. Kontroloři prověřili, jak resort nakládal s majetkem a s výdaji za celkem 521 milionů korun. Kontroloři se soustředili mimo jiné na náklady, které ministerstvo mělo v souvislosti s IT technologiemi, na výdaje za cestovné, dary, za konzultační, právní a poradenské služby nebo na náklady na reprezentaci.

Podle jejich zjištění ministerstvo uzavřelo v červnu 2010 tři smlouvy, na základě kterých pro něj měla jedna firma vytvořit IT systém podpory řízení kvality a nákladovosti ve zdravotnictví. V únoru 2012 ministerstvo tento projekt zastavilo. Samotnému dodavateli ministerstvo žádné peníze nevyplatilo.

Za projektové řízení ale zaplatilo jiné firmě přes dva miliony korun a další více než milion korun pak zaplatilo advokátní kanceláři za právní analýzu a rozvázání smlouvy s dodavatelem. Přestože se na praktickém naplnění projektu vůbec nezačalo pracovat, ministerstvo v souvislosti s ním vyplatilo celkem 3,2 milionu korun.

Kontroloři se také zabývali některými výdaji ministerstva v letech 2011 až 2013. Například za cestovné ministerstvo ročně utratilo 5,3 až 6,1 milionu korun. O více než třetinu se v těchto letech zvýšily výdaje na reprezentaci — zatímco v roce 2011 dosáhly jednoho milionu korun, o dva roky později už se vyšplhaly na téměř 1,7 milionu korun.

Za dary nejvíce ministerstvo zdravotnictví utratilo v roce 2012, kdy za ně zaplatilo 410 tisíc korun. Výrazný pokles výdajů kontroloři naopak zaznamenali u výdajů za spotřebu materiálu. Zatímco v roce 2011 ministerstvo nakoupilo materiál za 980 milionů korun, o rok později za něj zaplatilo už jen 65 milionů a v roce 2013 pak necelých 53 milionů korun. Velké výdaje v roce 2011 souvisely s nákupem očkovacích látek proti chřipce.

NKÚ zkontroloval i to, jakým způsobem ministerstvo zdravotnictví účtovalo o svém majetku a nákladech. Podle kontrolorů nebylo účetnictví ministerstva v letech 2009 až 2013 správné, protože ministerstvo účtovalo o některých položkách do období, s nímž dané účetní případy časově ani věcně nesouvisely. Nedostatky kontroloři zjistili také v oblasti odpisů majetku a obsahového vymezení položek účetní závěrky.