Česká republika zřejmě nestihne vyčerpat evropské dotace na modernizaci železnic. V pondělí to uvedl Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ), jehož kontroloři se zaměřili na financování modernizace železničních tratí mimo síť Trans European Network — Transport, tedy mimo hlavní koridorové tratě. Zkontrolovali období od roku 2009 do současnosti. Kontroloři se soustředili především na elektrizaci železničních tratí.

Evropská komise alokovala na modernizaci železnic v operačním programu Doprava v tomto programovém období celkem 393,5 milionu eur. Ke konci roku 2012 byla příjemcům proplacena včetně záloh asi třetina alokovaných prostředků a certifikovány byly jen výdaje ve výši 40,6 milionu eur, tedy 10,3 % alokace.

Podle NKÚ tak hrozí, že Česká republika nestihne do konce programového období dotace na modernizaci železnic vyčerpat. Ministerstvo dopravy tento trend kontrolorům vysvětlilo jen obecně, když argumentovalo zdržením v přípravě velkých projektů.

Kontroloři zjistili, že ministerstvo dopravy rozhodovalo o přípravě a samotné výstavbě projektů netransparentně. V některých případech ministerstvo nejdřív samo zpochybnilo věrohodnost dokladů od Správa železniční dopravní cesty (SŽDC), avšak po čase na základě totožných dokladů stavební akci schválilo. V průběhu rozhodování o přípravě a výstavbě jednotlivých akcí se jejich finanční a časové parametry měnily, aniž by ministerstvo nebo Správa železniční dopravní cesty vyhodnotily příčiny a dopady těchto změn.

Například v roce 2007 ministerstvo souhlasilo s elektrizací trati Šatov-Znojmo jen pod podmínkou, že ji SŽDC a Státní fond dopravní infrastruktury zkoordinují s elektrizací úseků Brno-Jihlava a Okříšky-Znojmo. V červenci 2008 ministerstvo schválilo financování elektrizace trati Šatov-Znojmo z evropských dotací, přestože příprava elektrizace trati Brno-Jihlava probíhá jen v úseku Brno-Zastávka u Brna a o elektrizaci trati Okříšky-Znojmo se zatím ani neuvažuje.

Kontroloři také zjistili, že některé změny v předmětu a rozsahu díla provedli dodavatelé jen na základě pokynů správce stavby, aniž by na tyto změny uzavřeli dodatky ke smlouvám o dílo. Například při elektrizaci trati Zábřeh-Šumperk proplatila SŽDC jen na základě pokynů správce stavby, tedy bez platných smluv, práce za 15,7 milionu korun. SŽDC také zadala některé veřejné zakázky na dodatečné stavební práce až poté, co byly tyto práce provedeny.