Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ) našel chyby v  hospodaření Kanceláře prezidenta republiky. Úředníci při kontrole kapitoly státního rozpočtu Kancelář prezidenta republiky prověřili hospodaření s nemovitým majetkem za 1,5 miliardy korun a s dotacemi za 230,5 milionu korun, a to za roky 2007 až 2011.

Zaměřili se přitom nejen na Kancelář prezidenta republiky, ale především na její příspěvkové organizace: Správu Pražského hradu a Lesní správu Lány. U těch kontroloři našli pochybení v oblasti veřejných zakázek, v účetní evidenci a inventarizaci majetku. NKÚ i přes uvedená pochybení nezjistil neúčelné nebo neoprávněné využití prostředků státního rozpočtu. Kontrolované subjekty navíc podle kontrolorů některé nedostatky napravily již v průběhu kontroly.

Jak Správa Pražského hradu, tak Lesní správa Lány se podle NKÚ v některých případech nedržely zákona o veřejných zakázkách, když některé z nich rozdělily na několik menších. Například Správa Pražského hradu takto rozdělila soutěž na rekonstrukci, propojení a záložní napájení rozvoden. Lesní správa Lány postupovala stejně například v jedné z etap rekonstrukce a revitalizace vodních nádrží nebo u rekonstrukce cest v Lánské oboře.

Správa Pražského hradu a Lesní správa Lány porušily i pravidla účetnictví, když v účetních závěrkách za kontrolované roky nevykázaly některé stavby či pozemky do správné položky. V roce 2008 tak například Správa Pražského hradu nadhodnotila soupis nedokončeného dlouhodobého majetku o téměř devadesát milionů korun. Do této položky totiž započítala tři již zkolaudované objekty, které měly být správně zaúčtovány do položky Stavby.

Kancelář prezidenta republiky podle NKÚ neprovedla veřejnosprávní kontrolu hospodaření s nemovitým majetkem a investičních akcí financovaných v rámci programů reprodukce majetku. Na dílčí nedostatky kontroloři narazili i v administraci programů reprodukce majetku.