Ústav pro studium totalitních režimů prošel poslední dobou hlubokými otřesy. Rozruch kolem jmenování nového ředitele Jiřího Pernese ještě neutichl a už byl Pernes odvolán. Mezitím ÚSTR vyvolal další vlnu pochybností aférou s údajně skartovaným svazkem Jiřího Dienstbiera, s níž před volbami přišel Český rozhlas.

Ze všeho nejvíc byl ÚSTR v minulosti kritizován za podléhání ideologickým tlakům. „Někteří lidé z ODS si přivlastňují ÚSTR jako svou doménu, div ne vlastnictví; naposledy p. poslanec Marek Benda, který se nejvíc ze všeho vzrušoval tím, že vedení jeho strany nevědělo předem nic o tom, že se Jiří Pernes může stát ředitelem,“ napsal ve svém otevřeném dopisu historik a člen vědecké rady ústavu Vilém Prečan.

Obvyklou tradicí bylo také vzájemné zaštiťování akcí. Bývalý ředitel Žáček svojí přítomností například posvětil kontroverzní vyznamenání bratrů Mašínů, pro něž se rozhodl Mirek Topolánek. Topolánek na oplátku asistoval při několika vědeckých akcí ÚSTR.

„Například jinak myslím velmi dobře připravená konference k roku 1989 byla devalvována proslovem pana Topolánka, při němž politika jednoznačně překryla odbornost,“ řekl Deníku Referendum zdroj z Ústavu pro studium totalitních režimů.

Vedle celé řady akademiků se k samotnému vzniku ústavu i způsobu jeho práce vyjadřovali nejkritičtěji sociální demokraté. Vzhledem k předpokládanému vítězství sociálních demokratů v květnových volbách se proto nabízí otázka, jak s ústavem naloží. Ti o tom ale podle svých slov zatím příliš jasno nemají. „Popravdě řečeno, nedokážu v tuto chvíli říci, jak bychom s ústavem naložili,“ řekl Deníku Referendum místopředseda strany Lubomír Zaorálek.