V médiích se objevila informace, že Pernes za komunismu studoval Večerní univerzitu marxismu-leninismu (VUML). Místopředseda ČSSD Lubomír Zaorálek se pozastavil nad tím, že krátce po zvolení Pernese novým ředitelem ústavu se na něj objevují informace z jeho minulosti, například to, že byl kandidátem spolupráce s komunistickou Státní bezpečností. „To je typ informací, na které dnes má monopol právě archiv pana Žáčka," zdůraznil. Podle něj to vyvolává podezření, že Žáček se snaží nástup Pernese do čela Ústavu pro studium totalitních režimů (ÚSTR) znemožnit.

Zaorálek dále prohlásil, že ÚSTR pracuje stejným stylem, jaký používala komunistická Státní bezpečnost (StB). „To byla přece náplň práce minulé Státní bezpečnosti, že zacházela s informacemi z minulosti lidí a vytahovala je ve chvíli, kdy to potřebovala," řekl.

Pavel Žáček k tomu uvedl, že ústav nenese zodpovědnost za registraci spisu kandidáta tajné spolupráce v registračním protokolu správy Státní bezpečnosti Brno před rokem 1989 a nemá ani k dispozici žádné další materiály Státní bezpečnosti související s tímto spisem. „Ústav nevlastní žádný „monopol" na dokumenty z provenience Večerní univerzity marxismu-leninismu (VUML)," dodal. Podle něho jimi vůbec nedisponuje.

Podle Žáčka ale ústav i archiv bezpečnostních složek postupují striktně dle platných zákonů, „a to zejména v oblasti zpřístupňování spisové a svazkové agendy Státní bezpečnosti." Ředitel ústavu poznamenal, že ústav je nezávislou institucí, „do jejíž činnosti není přípustné jakkoli zasahovat".

Žáček byl v čele ústavu od jeho vzniku v roce 2008. Minulý týden ho v konkurzu na ředitele ÚSTR porazil historik Pernes.