Nejvyšší kontrolní úřad prověřil, jak fungovaly v letech 2011 až 2013 nové mechanismy, které měly zefektivnit boj proti daňovým únikům a tím zvýšit výběr daně z přidané hodnoty (DPH). Kontroloři také vyčíslili tzv. mezeru DPH za rok 2013 — tedy rozdíl mezi teoretickým a skutečným výběrem DPH.

Podle výpočtu NKÚ byla míra daňových úniků v České republice v roce 2013 měřená mezerou DPH 25,7 % a dosáhla 105 miliard korun. Od roku 2011 mezera DPH stále roste a podle údajů Evropské komise se pohybuje nad evropským průměrem.

Kontroloři NKÚ vyčíslili také podíl jednotlivých faktorů podílejících se na daňových únicích při výběru DPH. Nejvíce se na nevybrané DPH podíleli podnikatelé úmyslně zkreslující údaje, a to ze čtyřiceti procent, tedy 42 miliardami korun. Na daňových únicích se dále podílely sedmi procenty nelegální a stínová ekonomika a pětadvaceti procenty mezery DPH tvoří přírůstek nesplacených nedoplatků. Zbývajících osmadvacet procent mezery DPH tvoří například ostatní daňové úniky nebo chyby v daňových přiznáních.

Kontrola ukázala, že zavedení nových institutů nepřineslo lepší výběr DPH ani snížení daňových úniků. Důvodů, proč nové instituty neměly větší dopad na výběr DPH, je podle kontrolorů víc. Změny zákona o DPH nabývaly účinnosti už několik dní po svém schválení, takže finanční úřady neměly dost času se na ně připravit. Například na ověření 518 tisíc bankovních účtů měly finanční úřady jen tři měsíce a kontroloři zjistili, že to v dané lhůtě nestihly.

Naopak pozitivní efekt mělo podle zjištění kontrolorů NKÚ zavedení režimu přenesení daňové povinnosti. Přesto nelze vyloučit daňové úniky způsobené jeho chybným uplatňováním a zejména nedostatečnou kontrolou ze strany finanční správy. Pokulhávalo také rozhodování o nespolehlivosti plátců — ke konci roku 2014 jich úřady zveřejnily jen 156. To však podle NKÚ neodpovídá snížení počtu zrušených registrací, výši nedoplatků ani počtu subjektů, které neplní povinnosti.

Přijaté opatření na podporu podnikání — ustanovení o opravě daně za dlužníky v insolvenčním řízení — vyvolalo mnoho soudních sporů kvůli nejednoznačnosti výkladu zákona, rozhodnutí v této věci poskytl až Nejvyšší správní soud. Generální finanční ředitelství navíc nesledovalo účinnost nových institutů.

V ročních zprávách o činnosti Finanční správy nebo v komentářích ke státnímu závěrečnému účtu zveřejňovalo pouze informaci o pozitivním dopadu zavedených institutů nepodepřenou žádnými údaji. Vládě a zákonodárnému sboru tak podle NKÚ chybí zpětná vazba pro odpovídající reakci.