Zadáním Akreditační komise MŠMT je pečovat o kvalitu vysokoškolského vzdělávání a všestranně posuzovat vědeckou a vzdělávací činnost na českých vysokých školách. Jako vrcholná autorita v této významné oblasti je a měla by být Akreditační komise samozřejmě zcela nezávislá.

Avšak autoři z Národohospodářské fakulty konstatují, že o nezávislosti nemůže být v rozhodování komise řeč a obviňují ji, že o žádostech rozhoduje pouze formálně. To dokládají kvantitativní analýzou, ze které plyne, že na jedno rozhodnutí má komise v průměru tři minuty. Jinými slovy řečeno: text děkana Národohospodářské fakulty VŠE v Praze Jiřího Schwarze a jeho kolegů nařkl Akreditační komisi z netransparentního a formálního rozhodování o licencích.

Autor textu, ve kterém obhajuje Akreditační komisi, však konstatuje: „aby mohli studenti na vysoké škole začít studovat nějaký obor, je potřeba, aby jej škola měla akreditovaný a bylo pro něj vypsáno přijímací řízení. Žádost o akreditaci posuzuje nejprve vědecká rada a senát fakulty a poté vědecká rada celé školy. Pokud ji tyto orgány schválí, postupuje do rukou Akreditační komise. Ta ji dá k posouzení odborné skupině a do čtyř měsíců k ní zaujme stanovisko.“

A o něco dále dodává: „Může trvat až dva roky, než se pojetí záměru otevřít studijní obor uskuteční a než do něj nastoupí první studenti. A pokud je potřeba obor výrazně změnit, je nutné žádat znovu, stejně jako je třeba žádat o opakované prodlužování akreditací oborů existujících.“ Tudíž lze dojít k jednoduchému závěru, že komise má na jedno rozhodnutí v průměru tři minuty.

Posuzovat činnost Akreditační komise pouze na základě této jednoduché a povrchní kvantitativní analýzy, navíc zobecněné až do dramatických závěrů se však zdá být neobhajitelné. Jak podotýká autor, problém pravděpodobně vězí v přebujelé byrokracii a nevyhovující legislativě. Většina vysokých škol i Akreditační komise jsou totiž zahlceny akreditační agendou, kdy jednotlivé fakulty a pracoviště, jež chtějí přijmout nové studenty, pouze sledují, jak žádosti dopadnou.

Autor analýzy konstatuje neudržitelný stav, kde „všichni akreditují všechno. Většina soukromých vysokých škol by chtěla být univerzitami, tedy mít doktorské studium, klasické univerzity mít úplné portfolio oborů, všichni pak nové a „in“ obory, které přitáhnou studenty. Takže je třeba stále nově akreditovat.“ Výše popsaný rámec pro rozhodování komise pak vedl k nejzávažnějšímu obvinění autorů analýzy z VŠE, totiž k tvrzení, že se s akreditacemi „kšeftuje“. Avšak „pokud by docházelo ke skutečnému kšeftování (a zveřejňování stanovisek pracovních skupin by riziko jakékoli podjatosti minimalizovalo), stávalo by se spíše to, že by pochybné žádosti byly schvalovány, nikoli, že by dobré byly odmítány. Proto argumenty autorů analýzy při bližším zkoumání neobstojí,“ píše autor v závěru textu.

Zásadně tak odmítá výhrady k práci Akreditační komise založené na povrchní analýze založené pouze na nepřesvědčivých statistických údajích, jež jsou až na samé hranici záměrné manipulace s fakty. Na úplný závěr konstatuje, že obvinění ze strany VŠE mohou mít vcelku prozaické důvody, neboť to, že jsou Schwarzově fakultě akreditace zamítány či udělovány na kratší čas, pravděpodobně naznačuje, že tato fakulta má objektivní problém.