O budoucnost Prunéřova svádějí boj ekologové s vedením ČEZu. Zatímco jedni požadují zavření elektrárny, případně alespoň zajištění nejlepší možné technologie pro provoz, ČEZ plánuje jen jeho částečnou modernizaci.

Kvůli neschopnosti spor rozhodnout dokonce rezignoval i ministr životního prostředí Jan Dusík. Podle svých slov čelil velkému nátlaku lobbistických skupin. Jeho nástupce, jenž by měl vydat stanovisko v nejbližší době, není dosud znám.

Podle zjištění Hospodářských novin má však ČEZ zřejmě již o rozhodnutí jasno. Vyplývá to alespoň z toho, že si již dopředu nechal vyrábět kotle potřebné pro úpravu elektrárny. Kotle vyrábějí strojírny Vítkovice Machinery Group. Celkové náklady by se měly vyšplhat na sedm miliard.