Podle Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) nevedlo ministerstvo dopravy v roce 2011 řádné účetnictví. Kontroloři mimo jiné zjistili, že resort nezaúčtoval část nehmotného majetku a neprovedl řádnou inventarizaci. Účetnictví také nebylo správné, NKÚ nalezl nesprávnosti v celkové výši 46 milionů korun. Týkaly se například neoprávněné tvorby opravných položek k pohledávkám nebo neoprávněné tvorby dohadné položky aktivní.

Podle NKÚ navíc není možné vyhodnotit, jestli účetní závěrka ministerstva podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví. Zapříčinily to nejednoznačné a nejasné právní předpisy v oblasti účetnictví platné v roce 2011. Kontroloři tak nemohli posoudit, jestli bylo správně účtováno o 34,7 % aktiv, 16 % pasiv, 42,7 % nákladů a dokonce o 96,9 % výnosů. Na stejný problém přitom kontroloři narazili už několikrát v jiných kontrolních akcích.

Předpisy pro účetnictví a výkaznictví vybraných účetních jednotek se totiž v roce 2010 významně změnily a už pro rok 2011 byly novelizovány. Jejich nejednoznačnost vedla k různým výkladům.

„V praxi to znamená, že stejnou finanční operaci na jednom ministerstvu účtují jinak než na jiném. Pokud je účetnictví jednotlivých organizačních složek státu vedeno podle různých výkladů právních předpisů, účetní závěrky se mohou výrazně lišit. Jinými slovy dochází k porovnávání neporovnatelného,“ uvedl Daniel Reisiegel, který kontrolu řídil.

Některé části účetní závěrky kontroloři nemohli posoudit, protože nebylo možné získat dostatečné informace k jejich ověření. Jednalo se například o výši odpisů ekonomického softwaru, za jehož vybudování a související služby resort zaplatil 1,4 miliardy korun. Jeho životnost ministerstvo stanovilo na třicet let, a proto i odpisy rozplánovalo na třicetileté období.

Ministerstvo i přes žádost kontrolorů nepředložilo doklady o tom, z čeho tento odhad životnosti softwaru vycházel. Podle NKÚ je neadekvátní.