Podle Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) nevedlo ministerstvo dopravy v roce 2011 řádné účetnictví. Kontroloři mimo jiné zjistili, že resort nezaúčtoval část nehmotného majetku a neprovedl řádnou inventarizaci. Účetnictví také nebylo správné, NKÚ nalezl nesprávnosti v celkové výši 46 milionů korun. Týkaly se například neoprávněné tvorby opravných položek k pohledávkám nebo neoprávněné tvorby dohadné položky aktivní.

Podle NKÚ navíc není možné vyhodnotit, jestli účetní závěrka ministerstva podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví. Zapříčinily to nejednoznačné a nejasné právní předpisy v oblasti účetnictví platné v roce 2011. Kontroloři tak nemohli posoudit, jestli bylo správně účtováno o 34,7 % aktiv, 16 % pasiv, 42,7 % nákladů a dokonce o 96,9 % výnosů. Na stejný problém přitom kontroloři narazili už několikrát v jiných kontrolních akcích.