Obavy, které provázely rozdělení Československa, měly vedle politického aspektu i výrazný aspekt hospodářský. Československá ekonomika byla v rámci postsocialistických zemí výjimečná. Poměrně vysoká úroveň strojírenské výroby a relativní komplexita ekonomiky byly jednak důsledkem historického vývoje a jednak postavením v rámci, v roce 1993 již neexistující, Rady vzájemné hospodářské pomoci.

Mezi oběma zeměmi federace však existovaly nezanedbatelné rozdíly. V České republice byla v zásadě soustředěna většina finálních výrob, zatímco Slovenská republika byla více orientována na prvovýrobu. Přesto se díky přerozdělovacím procesům dařilo udržovat vyrovnanou životní úroveň v obou částech Československa a pracovat na vyrovnávání struktury ekonomiky v obou částech země. SR však byla z hlediska životní úrovně a rozvoje infrastruktury v o poznání horším postavení. Pád socialismu, rozpad RVHP a rozdělení federace proto před obě ekonomiky postavily nové výzvy a rizika.

Kromě víceméně technických otázek rozdělení, jako je rozdělení peněžní zásoby, vyrovnání sald z přerozdělování a řady dalších, vyvstaly před následnickými zeměmi mnohem silnější výzvy. Připomeňme si, že na počátku devadesátých let probíhaly v Československu procesy komplexní rekonstrukce právního systému, přechod od centrálně plánované ekonomiky k ekonomice tržní, privatizace, restrukturalizace produktové a tržní orientace a ekonomika byla vystavena mimořádně silné mezinárodní konkurenci.

Z tohoto pohledu představovalo rozdělení Československa komplikaci, která významným způsobem ovlivnila následující hospodářský vývoj. Obě ekonomiky byly výrazně dekapitalizovány, zvýšila se nezaměstnanost a v období devadesátých let nešvary spojené s nástupem jak zahraničních, tak nově vzniklých, především finančních, investičních skupin na dlouhou dobu deformovaly a předurčily jejich problémy a vývoj.