Mezi středou 6. září a pátkem 8. září proběhlo páté kolo soudního jednání v případu obžaloby pěti lidí pohybujících se v anarchopacifistickém hnutí. Tři z nich se podle státního zástupce podíleli na přípravě teroristického útoku na vlak, jedna obžalovaná čin nepřekazila a jedna měla plánovat útok na úřední osobu. Příprava útoku se odehrávala za aktivní účasti dvou nasazených policejních agentů v rámci takzvané operace Fénix a vzbuzuje pochyby o postupu policie i státního zástupce.

Státní zástupce Vladimír Pazourek navrhl pro dva údajné strůjce útoku Petra Sovu a Martina Ignačáka trest dvanácti let odnětí svobody. Vězením podle něho má být potrestána i Alexandra Ščambová a také Katarína Zezulová, která měla chystat útok na úřední osobu. U Radky Pavlovské stíhané za nepřekažení trestného činu by se Pazourek spokojil s tříletou podmínkou.

Obhájci a obžalovaní v závěrečných návrzích zopakovali hlavní argumenty vyvracející policejní verzi. Poukázali na aktivní roli agentů v přípravě útoku. Agenti měli totiž s nápadem na útok sami přijít. Rozporovali nekompletnost odposlechů, které jsou spolu s výpověďmi agentů hlavními důkazy. O pravé identitě agentů prý obžalovaní od začátku věděli a plány na útok fabulovali, aby tajné policisty odhalili. Sami proto útok odkládali a při jednáních kladli důraz na to, že se nikomu nesmí nic stát — tvrzení potvrzují jak odposlechy, tak agenti. Zápalné lahve navíc zakopali v místě, kde vlak nejezdí.