Slovenská akadémia vied sa už druhý rok zaoberá pokusmi Predsedníctva SAV transformovať túto najdôležitejšiu a najproduktívnejšiu inštitúciu základného výskumu na Slovensku na inú organizačno-právnu formu. Zdanlivo sa hľadá najoptimálnejší model, ktorý by umožnil prísun ďalších financií do vedy a výskumu na Slovensku.

Prakticky sa však robí všetko preto, aby bol presadený model transformácie podľa vzoru Akadémie vied Českej republiky, ktorá už niekoľko rokov funguje na princípe verejných výskumných inštitúcií (v. v. i.). V modeli ale nie všetci z odstupom času vidia len výhody. Jedným z dôležitých poznatkov od susedov z Českej republiky je, že transformácia neznamená automaticky vyšší prísun financií do vedy a výskumu ako celku, ako sa to na Slovensku často prezentuje. Na rozdiel od nás však už nemajú ďalšie ekonomické zdroje na zmenu celého systému a nemôžu sa veľmi poučiť zo svojich chýb.

Okrem toho, že transformácia vedeckých inštitúcií stojí pomerne veľa priamych nákladov (počínajúc nákladmi na zmenu legislatívy a zmenu vnútornej štruktúry organizácie, teda aj náklady na výpovede a odstupné, zabezpečenie hospodárskeho fungovania nových inštitúcií), v hre sú aj nepriame náklady. Sú nimi funkčnosť pracovných kolektívov (a celých vedných disciplín), dôvera medzi kolegami, rovnako ako dôvera v samosprávne inštitúcie vedy a demokratický charakter politického systému reprezentovaného vládou. Je to teda niečo, čo je pomerne nákladné vytvoriť a udržať.

Aktuálne je v hre o transformáciu SAV viac práve táto druhá časť nákladov na transformáciu, keďže je jasné, že štát nebude ochotný a schopný do vedy investovať viac. Teda ak bude transformácia prebiehať v súčasných podmienkach škrtenia výdavkov, môže to byť robené len na úkor rozpočtu SAV.

V tejto situácii v podstate existujú pre štát len dve riešenia. Podporovať a presadzovať transformáciu, čo vo svojich dôsledkoch znamená znížiť priame výdaje na samotný výskum a časť peňazí spotrebovať len na reformu, a tým aj pravdepodobne oslabiť ľudský potenciál SAV a dôveru na pracoviskách a v politiku štátu. Znamenalo by to oslabenie existujúceho výskumného potenciálu, keďže inak ako prepúšťaním sa náklady na výskum už nedajú znížiť. Pri prepúšťaní ide vždy o to, kto pôjde z kola von a málokedy víťazia práve tí najlepší vedci — skôr sa darí schopným vedcom-politikom.

Druhým prístupom môže byť odloženie ambícií reformovať vedu na obdobie, keď bude mať vláda a parlament k dispozícii dôkladné analýzy nákladov a dopadov rôznych modelov transformácie a keď bude mať vlastné priority, ktoré bude môcť rozvíjať cez vlastné stimuly. Momentálne sa však ukazuje, že najväčšie investície spotrebovávajú zápasy o dôveru vedeckého spoločenstva v samotný zmysel reformy SAV a zápasy o prežitie.