Přibližně třetina ze zhruba 80 tisíc rostlinných a živočišných druhů žijících na území České republiky se podle přírodovědců nachází v nepříznivém stavu. Pouze přibližně pětinu sledovaných druhů hodnotí jako bezproblémovou. Stovky druhů už vymřely nebo vymizely, je mezi nimi 84 druhů hub, 27 mechorostů, 118 cévnatých rostlin, 627 bezobratlých a 22 obratlovců. Inventuru stavu přírody nechal před dvěma lety provést exministr životního prostředí Ladislav Miko. Vyplynulo z ní, že druhy nejvíc ohrožuje změna hospodaření v krajině.

Za přímý důsledek rozsáhlých změn zemědělské krajiny v druhé polovině 20. století dokument označuje úbytek druhů cévnatých rostlin. Do některého ze stupňů ohrožení patří polovina z nich. Na každý z 22 známých druhů připadá jeden, který nebyl v posledních letech nebo desetiletích na území České republiky pozorován, více než polovina z nich je považována za vyhynulé. Vyhynuly některé druhy orchidejí, citlivé především na znečištění prostředí, různé druhy plevelů včetně kdysi hojného koukolu polního.