Kraje budou moci od Nového roku pořádat regionální referenda o věcech, které spadají do jejich působnosti. Mohla by se týkat ekologických otázek, energetiky nebo budování infrastruktury. Podle zastánců posílí legitimitu krajské moci a podpoří postavení krajské samosprávy. Podle kritiků se tím regionální samosprávy budou zbavovat odpovědnosti. Odpůrci argumentovali také nákladností plebiscitů.

Uzákonění krajských referend prosadila před sněmovními volbami ČSSD, která stojí v čele všech regionů kromě Prahy. „Je celá řada zásadních otázek rozvoje krajů, kde výsledek referenda bude vždy silným mandátem a vodítkem každé krajské politické reprezentace k hájení zájmů občanů a řešení jejich problémů," uvedl předseda Asociace krajů ČR Michal Hašek, jihomoravský hejtman a místopředseda ČSSD. Nejčastěji se před volbami mluvilo o referendu k prolomení limitů těžby uhlí v Ústeckém kraji.

Sociální demokraté spolu s komunisty a zelenými nejprve přehlasovali zamítavé stanovisko Senátu a poté i veto prezidenta Václava Klause. Prezident svůj odmítavý postoj k předloze zdůvodnil tím, že je dalším krokem „k regionalizaci České republiky a k parcelování státu". Podle odpůrců není jasné, z čeho kraje zaplatí realizaci výsledků referend.

Krajská referenda se podle schváleného zákona mají do budoucna konat pouze o věcech, které spadají do výhradní působnosti kraje. Nesměla by být o zřízení nebo zrušení krajských orgánů a jejich uspořádání, o volbě či odvolání hejtmana a dalších krajských představitelů, o ukládání pokut a o rozpočtu kraje nebo o krajských vyhláškách. Provedení referenda by zajišťovala krajská samospráva, která by hradila i náklady spojené s hlasováním, například odměny komisařům dohlížejícím na regulérnost hlasování v plebiscitu.

Vyhlásit regionální plebiscit bude moci zastupitelstvo kraje nadpoloviční většinou všech svých členů, nebo na základě požadavku alespoň šesti procent obyvatel regionu. Výsledek referenda bude pro zastupitelstvo i radu kraje závazné, pokud se hlasování zúčastní alespoň 35 procent oprávněných voličů v kraji a nadpoloviční většina z nich návrh schválí, bude-li zároveň alespoň čtvrtinou oprávněných voličů v kraji.

Referenda se dosud mohla konat pouze na místní úrovni, jejich pravidly se sociální demokraté také inspirovali. Zákonodárci mohou ústavním zákonem schválit vyhlášení celostátního referenda k určité otázce. Dosud tuto možnost využili z podnětu Senátu pouze jednou, když v roce 2003 dali občanům příležitost rozhodnout o vstupu země do EU.